Tijela Agencije za znanost i visoko obrazovanje su Upravno vijeće, ravnatelj Agencije, Akreditacijski savjet, Povjerenstvo za prigovor i Povjerenstvo za naknadno praćenje.
Upravno vijeće
Agencijom za znanost i visoko obrazovanje upravlja Upravno vijeće. Vlada Republike Hrvatske imenuje jednog člana na prijedlog Nacionalnog vijeća za visoko obrazovanje, znanost i tehnološki razvoj, tri člana na prijedlog Rektorskog zbora Republike Hrvatske, dva člana na prijedlog Zbora veleučilišta Republike Hrvatske te dva člana na prijedlog Ministarstva znanosti i obrazovanja. Devetog člana Upravnog vijeća kao predstavnika radnika Agencije imenuje i razrješava radničko vijeće Agencije.
Ravnatelj
Ravnatelj Agencije je voditelj Agencije, a imenuje ga i razrješava Upravno vijeće. Ravnatelj se imenuje u postupku pokrenutom javnim natječajem, a uvjeti za imenovanje te postupak imenovanja i razrješenja ravnatelja uređuju se statutom Agencije. Mandat ravnatelja traje četiri godine, a ista osoba može se jednom ponovo imenovati za ravnatelja Agencije.
Akreditacijski savjet
Akreditacijski savjet imenuje Upravno vijeće Agencije za znanost i visoko obrazovanje. Akreditacijski savjet se sastoji od trinaest članova i to šest članova iz reda redovitih profesora ili redovitih profesora u trajnom izboru, dva člana iz reda znanstvenih savjetnika ili znanstvenih savjetnika u trajnom izboru, dva člana iz reda nastavnika izabranih na radno mjesto profesora stručnog studija ili profesora stručnog studija u trajnom izboru, jednog člana iz reda studenata sveučilišnih studija u redovitom statusu, jednog člana iz reda studenata stručnih studija u redovitom statusu i jednog člana iz reda gospodarstvenika.
Povjerenstvo za prigovore
Povjerenstvo za prigovore sastoji se od sedam članova koje imenuje Nacionalno vijeće iz reda redovitih profesora ili redovitih profesora u trajnom izboru. Najmanje dva člana Povjerenstva za prigovore trebaju biti pravne struke, jedan član Povjerenstva treba biti profesor stručnog studija te jedan član treba biti student u redovitom statusu.
Povjerenstvo za naknadno praćenje
Povjerenstvo za naknadno praćenje savjetodavno je tijelo Akreditacijskog savjeta Agencije za znanost i visoko obrazovanje koje pruža stručnu pomoć Akreditacijskom savjetu u svim pitanjima naknadnog praćenja, ovisno o vrsti postupka vanjskog vrednovanja.
Organizacijska shema
