Tijela su AZVO-a: Upravno vijeće, ravnatelj, Akreditacijski savjet, Povjerenstvo za naknadno praćenje i Povjerenstvo za prigovor.

Upravnim vijećem koje se sastoji od devet članova predsjedava prof. dr. sc. Dijana Vican.

Akreditacijski savjet stručno je tijelo Agencije koje donosi dokumente vezane uz postupke vanjskog vrednovanja  i konačno mišljenje o kvaliteti visokih učilišta i znanstvenih organizacija.

Agencija danas ima 72 zaposlenika.

Ravnateljica: 
izv. prof. dr. sc. Danijela Horvatek Tomić, Ova e-mail adresa je zaštićena od spambota. Potrebno je omogućiti JavaScript da je vidite., tel.: 01/6274-895

Zamjenica ravnateljice:
dr. sc. Irena Petrušić

Pomoćnica ravnateljice za kvalitetu:
dr. sc. Vesna Dodiković Jurković, Ova e-mail adresa je zaštićena od spambota. Potrebno je omogućiti JavaScript da je vidite., tel.: 01/6274-832

Pomoćnica ravnateljice za visoko obrazovanje:
mr. sc. Sandra Bezjak, Ova e-mail adresa je zaštićena od spambota. Potrebno je omogućiti JavaScript da je vidite., tel.: 01/6274-811

Pomoćnica ravnateljice za pravne poslove te financijske, računovodstvene i opće poslove (Službenica za informiranje):
Mirjana Gopić, dipl. iur., Ova e-mail adresa je zaštićena od spambota. Potrebno je omogućiti JavaScript da je vidite., tel: 01/6274-817

Pomoćnica ravnateljice za međunarodnu suradnju:
 mr. sc. Emita Blagdan, Ova e-mail adresa je zaštićena od spambota. Potrebno je omogućiti JavaScript da je vidite., tel: 01/6274-880

Pomoćnik ravnateljice za prijave na studijske programe: 
Igor Drvodelić, dipl. ing., Ova e-mail adresa je zaštićena od spambota. Potrebno je omogućiti JavaScript da je vidite., tel.: 01/6274-869