Tijela su AZVO-a: Upravno vijeće, ravnatelj, Akreditacijski savjet, Povjerenstvo za naknadno praćenje i Povjerenstvo za prigovor.

V. d. ravnatelja Agencije je prof. dr. sc. Jasmina Havranek.

Upravnim vijećem koje se sastoji od devet članova predsjedava prof. dr. sc. Dijana Vican.

Akreditacijski savjet stručno je tijelo Agencije koje donosi dokumente vezane uz postupke vanjskog vrednovanja  i konačno mišljenje o kvaliteti visokih učilišta i znanstvenih organizacija.

Agencija danas ima 72 zaposlenika.