Tijela su AZVO-a: Upravno vijeće, ravnatelj, Akreditacijski savjet, Povjerenstvo za naknadno praćenje i Povjerenstvo za prigovor.

Upravnim vijećem koje se sastoji od devet članova predsjedava prof. dr. sc. Dijana Vican.

Akreditacijski savjet stručno je tijelo Agencije koje donosi dokumente vezane uz postupke vanjskog vrednovanja  i konačno mišljenje o kvaliteti visokih učilišta i znanstvenih organizacija.

Agencija danas ima 72 zaposlenika.

V.d. ravnatelja: 
mr. sc. Sandra Bezjak, Ova e-mail adresa je zaštićena od spambota. Potrebno je omogućiti JavaScript da je vidite., tel.: 01/6274-895

Zamjenica ravnatelja:
dr. sc. Vesna Dodiković Jurković, Ova e-mail adresa je zaštićena od spambota. Potrebno je omogućiti JavaScript da je vidite., tel.: 01/6274-832

V.d. pomoćnika ravnatelja za visoko obrazovanje:
Ivana Borošić, prof., Ova e-mail adresa je zaštićena od spambota. Potrebno je omogućiti JavaScript da je vidite., tel.: 01/6274-813

Pomoćnik ravnatelja za znanost:
dr. sc. Josip Hrgović, Ova e-mail adresa je zaštićena od spambota. Potrebno je omogućiti JavaScript da je vidite., tel.: 01/6274-860

Pomoćnik ravnatelja za pravne poslove te financijske, računovodstvene i opće poslove (Službenik za informiranje):
Mirjana Gopić, dipl. iur., Ova e-mail adresa je zaštićena od spambota. Potrebno je omogućiti JavaScript da je vidite., tel: 01/6274-817

Pomoćnik ravnatelja za međunarodnu suradnju:
 mr. sc. Emita Blagdan, Ova e-mail adresa je zaštićena od spambota. Potrebno je omogućiti JavaScript da je vidite., tel: 01/6274-880

Pomoćnik ravnatelja za prijave na studijske programe: 
Igor Drvodelić, dipl. ing., Ova e-mail adresa je zaštićena od spambota. Potrebno je omogućiti JavaScript da je vidite., tel.: 01/6274-869