Agencijom za znanost i visoko obrazovanje upravlja Upravno vijeće s pravima i odgovornostima utvrđenim Zakonom o osiguravanju kvalitete u visokom obrazovanju i znanosti (Narodne novine, br. 151/2022), Zakonom o ustanovama (Narodne novine, br. 76/1993, 29/1997, 47/1999, 35/2008, 127/2019), Statutom Agencije (KLASA: 003-05/13-01/0001; URBROJ: 355-01-23-29) te drugim općim aktima Agencije. Upravno vijeće ima predsjednika i osam članova.

Predsjednika i sedam članova Upravnog vijeća imenuje i razrješuje Vlada Republike Hrvatske. Vlada Republike Hrvatske imenuje jednog člana na prijedlog Nacionalnog vijeća za visoko obrazovanje, znanost i tehnološki razvoj, tri člana na prijedlog Rektorskog zbora Republike Hrvatske, dva člana na prijedlog Zbora veleučilišta Republike Hrvatske te dva člana na prijedlog Ministarstva znanosti i obrazovanja.  Devetog člana Upravnog vijeća kao predstavnika radnika Agencije imenuje i razrješava radničko vijeće Agencije. Predsjednik i članovi Upravnog vijeća imenuju se na vrijeme od četiri godine.

Upravno vijeće Agencije donosi odluke na sjednicama, a odlučuje većinom glasova ukupnog broja članova Upravnog vijeća (pet glasova). Upravno vijeće pravovaljano raspravlja i odlučuje kada je na sjednici nazočno najmanje pet članova vijeća.

Sjednice Upravnog vijeća održavaju se prema potrebi, a najmanje tri puta godišnje. Sjednice Upravnog vijeća saziva predsjednik Upravnog vijeća. Prijedlog za sazivanje sjednice može dati član Upravnog vijeća odnosno ravnatelj Agencije, a o zaprimljenom prijedlogu odlučuje predsjednik Upravnog vijeća.

Upravno vijeće Agencije:

• na prijedlog ravnatelja i uz prethodnu suglasnost ministarstva nadležnog za visoko obrazovanje i znanost donosi Statut Agencije
• imenuje i razrješava ravnatelja Agencije
• na prijedlog ravnatelja Agencije imenuje i razrješava zamjenika i pomoćnike ravnatelja Agencije
• imenuje i razrješava članove Akreditacijskog savjeta
• donosi godišnji program rada Agencije
• nadzire provođenje godišnjeg programa rada Agencije
• usvaja godišnji financijski plan Agencije
• usvaja završno financijsko izvješće Agencije
• određuje usluge koje Agencija obavlja uz naknadu te naknadu za pruženu uslugu
• donosi godišnji program rada Akreditacijskog savjeta
• usvaja godišnje izvješće o radu Akreditacijskog savjeta
• usvaja godišnje izvješće o radu Agencije
• donosi Pravilnik o unutarnjem ustrojstvu i sistematizaciji radnih mjesta Agencije
• donosi Poslovnik o radu Upravnog vijeća
• donosi i druge opće akte iz djelokruga rada Agencije
• potpisuje ugovor o radu koji se sklapa s ravnateljem Agencije u čemu Upravno vijeće zastupa njegov predsjednik
• odlučuje kao tijelo drugog stupnja o pravima radnika iz radnog odnosa i u vezi s radom
• obavlja i druge poslove u skladu sa Zakonom o osiguravanju kvalitete u visokom obrazovanju i znanosti i Statutom Agencije.

Rješenje o razrješenju i imenovanju predsjednice i članova Upravnog vijeća

Poslovnik o radu Upravnog vijeća Agencije

Skraćeni zapisnici Upravnog vijeća

Članovi Upravnog vijeća: 

1. prof. dr. sc. DIJANA VICAN, predsjednica,
2. prof. dr. sc. BOSILJKA BRITVIĆ VETMA, članica,
3. prof. dr. sc. DRAGO ŠUBARIĆ, član,
4. prof. dr. sc. TIBOR PENTEK, član,
5. izv. prof. dr. sc. DAMIR JUGO, prof. struč. stud., član,
6. dr. sc. LJUBO RUNJIĆ, prof. struč. stud., član,
7. gospodin IVICA ŠUŠAK, dipl. iur., član,
8. gospođa DIJANA MANDIĆ, dipl. iur., članica,
9. gospođa MAJA ŠEGVIĆ, struč. spec. admin. publ., članica (predstavnica zaposlenika).