Tematskim vrednovanjem vrednuju se istovrsni subjekti vrednovanja ili područja djelatnosti jednog ili više istovrsnih subjekata vrednovanja. Agencija za znanost i visoko obrazovanje provodi tematsko vrednovanje po službenoj dužnosti na temelju odluke Akreditacijskog savjeta ili na obrazloženi prijedlog ministra nadležnog za znanost i visoko obrazovanje.

Postupak tematskog vrednovanja pokreće se poduzimanjem prve radnje Agencije u svrhu provedbe tematskog vrednovanja te može trajati najdulje jednu godinu od pokretanja postupka. Postupak se provodi u skladu s čl. 18. stavcima 1. i 2. Zakona o osiguravanju kvalitete u visokom obrazovanju i znanosti (151/22).

Akreditacijski savjet na temelju izvješća stručnog povjerenstva donosi obrazloženo mišljenje koje sadrži ocjenu kvalitete tematskog vrednovanja po svakom pojedinom vrednovanom znanstvenom institutu. Obrazloženo mišljenje Agencija dostavlja znanstvenom institutu i nadležnom ministarstvu.

Na temelju obrazloženoga mišljenja Agencija može pokrenuti postupak reakreditacije.