Izvanrednim vrednovanjem vrednuje se jedno ili više područja djelatnosti znanstvenog instituta. Agencija provodi izvanredno vrednovanje po službenoj dužnosti na temelju odluke ravnatelja Agencije, odluke Akreditacijskoga savjeta ili na zahtjev znanstvenoga instituta.
Pri donošenju odluke o pokretanju postupka izvanrednog vrednovanja ravnatelj Agencije u obzir uzima predstavke ili druge obavijesti koje upućuju na potrebu zaštite javnog interesa.
Postupak izvanrednog vrednovanja završava donošenjem izvješća o izvanrednom vrednovanju na temelju kojeg se može pokrenuti postupak reakreditacije.