Reakreditacija javnih znanstvenih instituta provedena je u akademskoj godini 2013./2014. u skladu sa Zakonom o osiguravanju kvalitete u znanosti i visokom obrazovanju (Narodne novine 45/2009), odnosno Pravilnikom o uvjetima za izdavanje dopusnice za obavljanje znanstvene djelatnosti, uvjetima za reakreditaciju znanstvenih organizacija i sadržaju dopusnice (Narodne novine 83/2010). Reakreditacija je obuhvatila sve javne znanstvene institute.
Vrednovanje javnih znanstvenih instituta provedeno je na temelju četiriju kriterija:
- kvaliteta znanstvenog istraživanja
- produktivnost (kvantiteta) znanstvenog istraživanja
- utjecaj i značaj znanstvenog istraživanja
- učinkovitost i racionalnost znanstvene organizacije.
Izvješća i očitovanja
- Ekonomski institut
- Hrvatski geološki institut
- Hrvatski institut za povijest
- Hrvatski šumarski institut
- Hrvatski veterinarski institut
- Institut društvenih znanosti Ivo Pilar
- Institut Ruđer Bošković
- Institut za antropologiju
- Instiut za arheologiju
- Institut za društvena istraživanja
- Institut za etnologiju i folkloristiku
- Institut za filozofiju
- Institut za fiziku
- Institut za hrvatski jezik i jezikoslovlje
- Institut za jadranske kulture i melioraciju krša
- Institut za javne financije
- Institut za medicinska istraživanja i medicinu rada
- Institut za migracije i narodnosti
- Institut za oceanografiju i ribarstvo
- Institut za poljoprivredu i turizam
- Institut za povijest umjetnosti
- Institut za razvoj i međunarodne odnose
- Institut za turizam
- Poljoprivredni institut Osijek
- Staroslavenski institut
Agencija za znanost i visoko obrazovanje je donesene akreditacijske preporuke proslijedila Ministarstvu znanosti, obrazovanja i sporta u ožujku 2014. godine na nadležno postupanje te je postupak još u tijeku.