U svojoj misiji unapređenja kvalitete znanosti i visokog obrazovanja, Agencija za znanost i visoko obrazovanje surađuje s Nacionalnim vijećem za znanost, visoko obrazovanje i tehnološki razvoj, Odborom za etiku, Savjetom za financiranje znanstvene djelatnosti i visokog obrazovanja, matičnim odborima, povjerenstvima i područnim znanstvenim vijećima, Rektorskim zborom i Vijećem veleučilišta i visokih škola, nadležnim ministarstvom i ostalim državnim tijelima te institucijama visokog obrazovanja i znanosti, nastojeći s njima izgraditi partnerski odnos.