Upisnik znanstvenih organizacija vodi Ministarstvo znanosti i obrazovanja u elektroničkom obliku.

Postupak upisa u Upisnik pokreće se zahtjevom za upis, koji Ministarstvu podnosi osoba ovlaštena za zastupanje znanstvene organizacije ili druge pravne osobe.

Nositelji su znanstvene djelatnosti:

- 25 javnih znanstvenih instituta

- visoka učilišta i to: 10 sveučilišta (8 javnih i 2 privatna sveučilišta), 72 sastavnice javnih sveučilišta (fakulteti, akademije i odjeli), 6 visokih škola te 4 javna veleučilišta

- pravne osobe izvan sustava visokog obrazovanja i javnih znanstvenih instituta koje su registrirale znanstvenu djelatnost, i to: 3 ustanove od posebnog značaja (Nacionalna sveučilišna knjižnica, HAZU, Leksikografski zavod Miroslav Krleža), bolnice i zdravstvene ustanove s istraživačkim jedinicama, državni instituti i zavodi, arhivi, muzeji i dr.

Javni znanstveni instituti

Javni znanstveni instituti kao primarnu djelatnost i razlog osnivanja imaju obavljanje znanstvenog i istraživačkog rada, doprinos znanstvenom području u kojem su registrirani i doprinos društvenom razvoju u cjelini. Od instituta se očekuje sudjelovanju u kreiranju studijskih programa, posebice doktorskih, kao načinu prijenosa znanja te uspostavljanje znanstvene i stručne suradnje s javnim i privatnim sektorom u Republici Hrvatskoj i inozemstvu. Javni znanstveni instituti svakih pet godina prolaze postupak reakreditacije u kojem se naglasak stavlja na izvrsnost znanstvenih rezultata, ishode znanstvenog rada i njihov prijenos u društvo. Javni znanstveni instituti kao i javna sveučilišta i njihove sastavnice moraju zadovoljiti minimalne uvjete propisane Pravilnikom o uvjetima za izdavanje dopusnice za obavljanje znanstvene djelatnosti, uvjetima za reakreditaciju znanstvenih organizacija i sadržaju dopusnice (Narodne novine 83/2010), ali i kriterije kvalitete znanstvenog istraživanja.