Akreditacijska preporuka je neovisno stručno mišljenje Agencije koje se donosi na temelju provedenog postupka vrednovanja.
Akreditacijskom preporukom Agencija preporuča ministru nadležnom za znanost i visoko obrazovanje:
- izdavanje potvrde o ispunjavanju uvjeta za obavljanje djelatnosti ili dijela djelatnosti predmetima vrednovanja, ako je akreditacijska preporuka pozitivna,
- uskratu dopusnice za obavljanje djelatnosti ili dijela djelatnosti predmetima vrednovanja ako je akreditacijska preporuka negativna, ili
- izdavanje pisma očekivanja s rokom uklanjanja nedostataka do tri godine.
Izvješća i očitovanja
- Ekonomski institut
- Hrvatski geološki institut
- Hrvatski institut za povijest
- Hrvatski šumarski institut
- Hrvatski veterinarski institut
- Institut društvenih znanosti Ivo Pilar
- Institut Ruđer Bošković
- Institut za antropologiju
- Instiut za arheologiju
- Institut za društvena istraživanja
- Institut za etnologiju i folkloristiku
- Institut za filozofiju
- Institut za fiziku
- Institut za hrvatski jezik i jezikoslovlje
- Institut za jadranske kulture i melioraciju krša
- Institut za javne financije
- Institut za medicinska istraživanja i medicinu rada
- Institut za migracije i narodnosti
- Institut za oceanografiju i ribarstvo
- Institut za poljoprivredu i turizam
- Institut za povijest umjetnosti
- Institut za razvoj i međunarodne odnose
- Institut za turizam
- Poljoprivredni institut Osijek
- Staroslavenski institut
Agencija za znanost i visoko obrazovanje je donesene akreditacijske preporuke proslijedila Ministarstvu znanosti, obrazovanja i sporta u ožujku 2014. godine na nadležno postupanje te je postupak još u tijeku.