Tematskim vrednovanjem vrednuju se istovrsni subjekti vrednovanja ili područja djelatnosti jednog ili više istovrsnih subjekata vrednovanja. Agencija provodi tematsko vrednovanje po službenoj dužnosti na temelju odluke Akreditacijskog savjeta Agencije ili na obrazloženi prijedlog ministra. Postupak tematskog vrednovanja pokreće se poduzimanjem prve radnje Agencije u svrhu provedbe tematskog vrednovanja te može trajati najdulje jednu godinu od pokretanja postupka. Postupak se provodi u skladu s čl. 18. stavcima 1. i 2. Zakona o osiguravanju kvalitete (151/22). Akreditacijski savjet na temelju izvješća stručnog povjerenstva donosi obrazloženo mišljenje koje sadrži ocjenu kvalitete tematskog vrednovanja po svakom pojedinom vrednovanom znanstvenom institutu. Obrazloženo mišljenje Agencija dostavlja znanstvenom institutu i nadležnom ministarstvu. Na temelju obrazloženoga mišljenja Agencija može poreknuti postupak reakreditacije.
Provedena vrednovanja:
Sinteza tematskog vrednovanja javnih znanstvenih instituta
Tematsko vrednovanje privatnih znanstvenih organizacija i drugih pravnih osoba
Tematsko vrednovanje doktorskih studija u Republici Hrvatskoj